同年三月，沐天波率两万兵马南下，首战黔西。
土司吴蔺自称“黔王”，聚兵拒命，驱逐官吏，劫掠边地。
沐天波并不急攻，断水断粮断盐道，一月后，城中溃乱，副将夜开城门，吴蔺被擒，斩首示众。
与此同时，抚慰使周炳南进驻滇西，巡访十余土司，除三家拒谈，其余皆愿归附。
他宴谈、送银、授冠带、许封号，软硬兼施，几日之间局面大稳。
李永昌则走访滇中，以地换印、以职易号，成功劝降十余小土司，许其世袭一代、户籍归国、子弟送质。
不到半年，已有八成土司签署“改土归流”文书，交出印信。
朝廷随即派流官接替，设州置县，统一征赋。
东林党又坐不住了，钱谦益上疏：“西南久蛮，强设县官，恐惹兵祸。”
刘宗周亦言：“改流非急务，扰而不稳。”
左光斗冷言：“贪官新设之地，必有鱼肉百姓之患。”
朱由检淡然一语：“若你们亲眼看过山中百姓如何被土司剥皮抽血，就不会讲这些风凉话。”
随即下旨：“所有新设州县，三年免赋，五年不调，十年一考，若贪污，连坐上官。”
嘉平三年春，云南贵州新设州县47处，收编旧土兵8000人，编为义勇营，由兵部节制。
一年内岁入增两成，边地秩序稳定，流民安居，屯田初成。
沐天波回京述职，朱由检设宴嘉奖，封其为“忠勇伯”，并道：“西南乱暂平。改流之策，当行且慎，不能复世袭之制。”
朝臣皆颔首，不再多言。
至此，大明版图上，又一块模糊地带被收归正轨，朱由检看着最新的滇黔地图，低声一句：“接下来，是西北了。”
还未等兵部回奏西北军情，宫中却先传来喜讯，昭仪陈圆圆诞下一子。
太医院确认母子安康，当即报呈御前。
朱由检御批：“赐名慈炯，拜为皇次子。封陈氏为德昭仪，赏金银绸缎三百匹，官户田地五十顷。”
后宫闻讯，人人称贺。
接着不过半月，又传来婕妤柳如是怀有身孕，皇后周氏亲自备膳问安，宫中上下皆喜。
乾清宫内，朱由检笑道：“儿孙满堂，是国之福，也是家之幸。”
魏忠贤在旁陪笑：“陛下圣德所致。”
然而高兴归高兴，朱由检却随即召内阁、礼部、太常寺、宗人府共同商议——
“皇子虽贵，然不可乱宫廷之规。凡成年之后，皆须出宫就藩，不得留京。”
礼部尚书贾岩不解：“陛下，前代规制虽有分藩，然多留庶子在京，以备不测。”
朱由检一锤定音：“正因如此，才有斗兄争弟之祸。朕不留火种，皇子自当各镇一方，为国守土。”
宗人府主事赶忙请旨：“那是否即刻修订宗室就藩章程？”
“准。”朱由检直接下令，“改章、修例、入册，今后皇子成年，十六岁即择地就藩。赐府、给兵、拨饷、建学，一切照亲王规制，不得拥兵私自扩张，不得干政，不得回京。”
文武百官多有惊讶，然谁也不敢反对。