三日之间，苏州织户捐丝绸万匹，福建茶商捐银十万两，湖广粮商捐米十万石。
魏忠贤设“辽地义赈总署”，将民捐集中，开设“忠烈粮仓”“军属银库”，每一笔银粮，账目分明，三月一查，交由太子亲审。
格物院则不断改良火铳火炮，试制“重管火铳”“手提火雷”“便携装填器”，朱由检下令：“每新器试用，军前实战验证，再准量产。”
至此，整个辽东形成屯田—军防—后勤三位一体之局。
战时能打，守时能耕，兵能攻退，民亦归附。
后金境内，盛京府库空虚，诸王纷争，皇太极尚未能起，多尔衮仓皇北遁，传言已言及“退守松花江以北”。
而在沈阳，赵率教披甲立城头，望北而誓：“若鞑虏再来，我大明必以十倍还之。”
卢象升镇守山海，兵力充盈，堡垒林立，战备严明。其言：“大明若失辽东，边疆之责，在我。”
朱由检登奉天殿，观山河图，再无往昔颓意，只道一句：“此为守国之始。鞑虏可破，边可固，民可安，士可聚。大明，当再起。”
朱由检手持羽笔，盯着太监传呈的密折，冷声道：
“乱起于外，亡在于内。外寇虽退，内变未息。京师兵变，虽已平定，却露出一根毒脉——天机阁。”
此言一出，百官默然。魏忠贤面色凝重，低头而立。
东林诸臣更是神情各异，左光斗眼角微动，黄道周则低声长叹。
朱由检将密折摔在御案之上，抬首厉声：
“命兵部尚书李若琏，即刻接掌禁军三统卫，彻查京营、京营预备营、畿辅调兵所，凡有与天机阁有关联者——不问品级，不论贵贱，一律查办！”
群臣齐声应命。
京师兵变虽因魏忠贤亲督镇压、内库军奋勇扑杀而得平定。
但事后审讯发现，参与谋乱之人多出自京营副哨，且调动迅疾、组织严密、口令一致，明显受过训练。
更有部分校尉供出幕后指挥暗号来自一个名为“天机阁”的密会组织，渗透已久，不仅军中有之，连文馆、监生、甚至宗室中亦有人涉足。
朱由检听后不怒而笑：“倒是养了个不知死活的蛇窝。”
遂亲召李若琏入殿。
“此事不交东厂，不归锦衣卫，专由你亲办。”
李若琏跪下领命：“臣当穷根究底，绝不留情。”
即日设“军政肃清署”，专责整肃军中私派、私盟、私通等事，授全权督审、拘人、查库、开堂、入营，一应文武军官不得阻拦。
李若琏雷厉风行，调阅京营三年调令、五年名单，清查每一军号、每一兵户。凡有资历诡异、调动频繁、私下聚会者，皆被带至肃清署亲审。
短短七日，拘押三千人，查出天机阁外围成员七百八十七人，骨干三十七人，首脑级“阁使”四人，其中竟有一人为锦衣卫校尉，一人为礼部司官外孙。
朱由检震怒：“果然渗透至骨！”