他又吩咐：“筹建宣大铁甲步营，设‘东道粮储署’，中原商税每月三成用于补给。南北战线，两头齐抓。”
是夜，太子同魏忠贤看朝报：
太子说：“疆土在心，铁枪火铳，才护得住京师。”
魏忠贤点头：“他这句，是朝廷真正稳世的声音。”
疆场之外，南洋浪未平，福建风声又起——北方战火还没熄，在东南海面，又有风起云涌。
某日晚报送进奉天殿，朱由检和魏忠贤刚就边讯放下书卷，一字一句升起：建文后人意图借明朝纷乱，率水师北上，以福建为立足之地。
这消息像一把冷刀刺进胸腔。
朱由检起身，沉声道：“那便让熊巡抚应之。”
魏忠贤点头：“臣即速书密诏调集闽系水师，御驾将令两艘铁甲战船为先导先行迎敌。”
与此同时，熊文灿在福州一塌心神，接获诏书如当头棒喝。
他令府署通报各军船只、将士立刻备战，召散乱商贩之船归编为战船，船夫也须拜王为主，大旗一立，是“抵御亲逆”之意。
浔阳、湄州、闽江数百船齐聚，熊文灿亲明江边，他对将校说：
“他们以福建立为据点，我守此为国根。谓吾福建软弱，今要让他们见！”
意气如虹。
第二日黎明，数百战船已形成战列，海面雾气弥漫，群帆似云，涛声震耳。
海面忽有黑影浮动，是建文余人主力舰队正帆影连连逼近。
熊文灿深吸一口，用军号喊：“鸣鼓开战！”
他的水师像潮涌海岛，先用火铳点射，引爆对方前舷火药桶，再配以水雷冲击，炮声与火光闪烁。
战列舰放出舷炮，一阵阵毁灭海面“敌人谎言”的音爆，让对方惊恐错乱。
前锋敢战之士虽勇，却面对熊文灿突袭策略，船只一列被迫撤退。
福建沿海商民上岸望断天涯，“我朝海防还在！”人群吶喊。
熊文灿不急追击，只命令收复海面优势，稳住阵脚。
他暗中派小艇，连夜出击，将敌船底下草料切断，使人困于水间，再用火铳扫射，虏岛船只连翻。
第三天，他的大军围攻敌舰主船，以“围而不杀”为诡术，旨在破人意志。建文后人队伍被断粮断水，士气崩溃。
恰在此时，郑芝龙调福建民营船只增援，也来了报捷，正北的战火从沿海火光蔓延。
京师内外接到这消息，欢声雷动。朱由检在御前宴会只轻轻放下酒杯，说：
“海上能堵，陆上才能定。”
他又命：“郑芝龙统帅厦门三个港口设防，熊巡抚看守主线，户部拨三十万两海运银支付补给，格物院派出火铳两车与火雷一炉支援！”