一时间，大明内忧外患同时爆发——北敌压境、内乱四起、海外疑云潜起，乃建国以来最严重之危局。
朱由检闻报，顿时起身，命：
“封朝不复聊天下，次日即刻星夜返京。”
次日黎明，他乘舆返京，沿途百姓纷纷跪迎，旗帜变了往日欢迎，变成“护我山河”与“返京速决”两幅。
魏忠贤配合一起，率东厂锦衣卫及奉系护驾迅速赶回，温体仁与内阁连夜组织防务。
京中百官闻讯，皆惊惶失措，刘宗周在议事厅愤然上疏：“崇祯方兴，此时北虏犯境，妄动南巡，朝廷何面见？”
朱由检却头也不抬，让魏忠贤将奏章收起，只一句话：
“朕不在河畔赏花，是因为有人要烧京师。”
事关建国之存亡，他斩钉截铁、毫不犹豫。
三月末夜,
朝廷重开应变方案：
兵部由洪承畴统筹，即刻调“新军20万”从南撤回京畿、山海关。
北方设“京防总司”，由魏忠贤带领锦衣卫十二营与山海关守军合并，强化京畿防线。
东林党围攻者即封镇抚，如左光斗急奏要火速议和，朱由检笑曰：“和谈还能抵御火器？”
他让太傅徐光启速上缓进文书，但兵马先动，筹备御敌才是当前首务。
与此同时，海上情况也不容乐观。
顺化建文后人据说已集结小船在琉球，以“重启中华帝统”为名有异常活动。
朱由检命郑芝龙立刻启航，率水师三队护送粮舰与商船南北通运，并严令巡海武装巡视南沙、东洋诸岛，防范其飘洋北上。
“南北都不能乱，谁也别想偷时间。”
四月上旬，大军抵京。
山海关守将报告：皇太极军队集结于关外八十里，已派出斥候试探守备，虽未大举进攻，但随时可能突袭。
洪承畴连夜召开军议：火雷与连珠火铳优先部署，严守长城弱口，调红夷重炮十门，设“三线防御”阵，太子允许夜间坐镇京中，表示朝廷稳固，不容恐慌。
朱由检亲临兵营，巡视铁炮、火器兵操与战阵指挥：
“北方窒息则亡，边疆稳则国存”，多个士卒操练如山呼，威风凛凛。
他拍板：“每日横南香山一炮火，震慑可偏。”
战前准备中，朝院又传报：天机阁残党于南方作乱的火烧流言不断，欲把朝廷拖回内乱。
朱由检当夜令魏忠贤整肃各郡抚，如在湖广、江淮等地提拔忠实良吏，严查诋毁朝廷的谣言刁民。
“乱人以乱，朕绝不闲着。”
四月底，战火终于迫近。
皇太极领兵试探性攻击山海关外腹地，明军以次第火铳齐发，击退前锋。
与此同时，郑芝龙水师自东海调渡船只至黄骅浦，截断建文残兵的通海路径，防其利用船只骚扰北防。
海上风声渐紧，朱由检连夜命令：水师出海演练，震慑南洋异动，海商停止大规模交易，将货物归案，节省银两用于战资。
五月中旬，战事初见端倪：北方守军在山海关以新式炮击退数次强攻，西边有锦衣卫夜袭间谍基地，斩获天机党残余数十，南方郑芝龙护船队抵履行贸易协议，但不放松戒备。